Dr. Dyson tinggal di Iron City pada tahun 2563 dan memperbaiki cyborg di kliniknya. Mencari komponen baru, ia menjelajahi tempat rongsokan dan menemukan inti dari seorang gadis cyborg, yang ia putuskan untuk dicangkokkan ke tubuh tak terpakai yang telah ia persiapkan untuk putrinya, Alita. Gadis itu tidak memiliki ingatan tentang dirinya sendiri, tetapi ia menyadari bahwa dirinya adalah cyborg yang sangat canggih dengan teknologi yang telah hilang, dirancang untuk bertempur.